A Ecologia é parte dos bancos curriculares de ensino médio no Brasil. A Limnologia substancia o estudo e aplicação dos conteúdos da Ecologia em águas continentais. A incorporação da Limnologia nestes espaços vem suprir a demanda de conscientizar a sociedade frente aos usos da água e seus impactos. Objetivos do estudo: apresentar a Limnologia como parte integrante na grade curricular, com interfaces na ecologia e educação ambiental do ensino médio do Brasil; apresentar sequência didática com abordagem investigativa para ser desenvolvida presencialmente e a distância. A sequência didática foi composta de três etapas: a problematização inicial, a organização de conhecimento e a aplicação do conhecimento. Neste estudo, foi evidenciado que o ensino por investigação é um instrumento pedagógico essencial na condução do saber científico. A necessidade imposta pelos tempos modernos exige um desenvolvimento do saber científico consonante e integrativo com as características social e cultural dos cidadãos. Tal perspectiva vem ao encontro de criar envolvimentos para uma cidadania consciente, capaz de compreender a realidade socioambiental e cenário para o desenvolvimento sustentável.